Der Name des Dorfes leitet sich vom Mittelhochdeutschen „wint-hac“ (Hecke) ab.
Die namentliche Unterscheidung zwischen „Windhag“ und Oberwindhag (bei Weitra) lässt sich historisch bis in das frühe 14. Jahrhundert zurückverfolgen. Im ältesten Stiftsurbar des Klosters Zwettl aus dem Jahr 1280 wird der Ort noch schlicht als Unterwindhag (oder nur Windhag) geführt. Um Verwechslungen mit dem nahegelegenen „Windhag im Amt Schweiggers“ zu vermeiden, wurde im Urbar von 1320 erstmals explizit zwischen „Winthag bei Weitra“ und dem anderen Windhag unterschieden.
Der Name Oberwindhag etablierte sich später dauerhaft für das Dorf südlich von Weitra, um es eindeutig von anderen gleichnamigen Siedlungen in der Region abzugrenzen.
Seit 1971 gehört der Ort zur Stadtgemeinde Weitra.
