Ursprünglich gab es auf dem Burghügel eine Burgkapelle die dem Heiligen Sebastian geweiht war. Die Siedlung wurde 1217 erstmals genannt und war Sitz eines kuenringischen Lehensritters. Die Burg wurde Ende des 13. Jahrhunderts zerstört.
Unterhalb der Berglehne wurden eine Dorfkapelle und Filialkirche, ebenfalls mit dem Patrozinium Heiliger Sebastian erbaut.
Bereits im Jahre 1634, als im Raum Zwettl die Pest ausbrach, initiierte Abt Martin mit seinem Konvent vom Stift Zwettl eine Wallfahrt nach Siebenlinden, dessen Kirche dem Heiligen Sebastian geweiht war, dem Schutzpatron gegen die Pest.
Unter Abt Bernhard Linck wurde 1651 die Pfarre Waldenstein dem Kloster inkorporiert, allerdings ein Jahrhundert später gegen Gobelsburg ausgetauscht. 1662 wurde die Filiale Siebenlinden von Schweiggers getrennt, für die nun der Neubau einer Kirche notwendig wurde, die Sebastian-Kirche.
Die im Kern romanische und durch Umbau im 15. Jahrhundert nun gotische Kirche wurde 1662 barockisiert. Nordseitig am Chor wurde eine barocke tonnengewölbte Sakristei angebaut.
Die ursprüngliche Burgkapelle auf dem Burghügel wurde nach 1782 endgültig abgetragen.
Das Langhaus der neuen Kirche wurde 1784 verändert und eine Glocke angeschafft.
Im Zuge der Erhebung zur eigenständigen Pfarre im Jahre 1784 wurde die Pfarrkirche Siebenlinden im Waldviertel dem Heiligen Jakobus dem Älteren geweiht. Die Pfarrkirche ist eine Patronatskirche vom Stift Zwettl und gehört zum Dekanat Gmünd in der Diözese St. Pölten.
1911 wurde die Kirche renoviert.
1971 wurden der Altarraum neu gestaltet, der Volksaltar aufgestellt und die Kanzel aus der Kirche entfernt.
Am 23. Mai 1971 wurden das Geläute elektrifiziert und die Glockenaufhängung erneuert.
In den Jahren 1977/78 erfolgte die neuerliche Renovierung der Pfarrkirche.
