Ab der Mitte des 11. Jahrhunderts drangen bayrische Siedler unter der Führung des Ministerialengeschlechts der Kuenringer in das Zentrum des Waldviertels vor. Sie errichteten hoch über dem Zusammenfluss von Kamp und Zwettl auf dem heutigen Propsteiberg eine Burg und auch eine Kirche. Mit großer Wahrscheinlichkeit bestand
bereits im ersten Drittel des 12. Jahrhunderts in Zwettl eine Pfarre. Die erste Pfarrkirche von Zwettl, im Bereich der Kuenringerburg gelegen, war die heutige Propsteikirche.
Neben der Pfarrkirche auf dem Berg, die auch damals schon dem Evangelisten Johannes geweiht war, befand sich in der Stadt selbst die Liebfrauenkirche. Sie wurde 1280 erstmals als „ecclesia inferiora“ untere Kirche genannt. Ihre genaue Bauzeit ist nicht bekannt. Da der Weg zur außerhalb der Stadtmauern gelegenen Pfarrkirche sehr beschwerlich war, bemühten sich die Zwettler Bürger nach Kräften, durch Stiftungen und Zuwendungen regelmäßige Gottesdienste in der nahen Marienkirche zu ermöglichen. Ab 1352 war hier ein eigener Kaplan beschäftigt, der täglich die Frühmesse zu lesen hatte.
Auch wenn sich im Laufe der Zeit das kirchliche Leben immer mehr in die Stadt verlagerte, der eigentliche Sitz des Pfarrers von Zwettl und damit das Zentrum der Pfarre war die Sankt-Johannes-Evangelist-Kirche auf dem Berg.
