Ein Naturdenkmal ist die älteste kontinuierlich seit den 1920er-Jahren bestehende Schutzgebietskategorie in Niederösterreich. Naturdenkmäler schützen Naturgebilde, die sich durch ihre Eigenart, Seltenheit oder Ausstattung auszeichnen, die Landschaft prägen oder große wissenschaftliche oder kulturhistorische Bedeutung haben. Die Erklärung zum Naturdenkmal erfolgt durch Bescheid der Bezirkshauptmannschaft bzw. des Magistrats. Zum Naturdenkmal erklärt werden können: Klammen, Schluchten, Wasserfälle, Quellen, Bäume, Hecken, Alleen, Baum- und Gehölzgruppen, Felsbildungen, erdgeschichtliche Aufschlüsse, Fossilvorkommen, Fundorte seltener Gesteine und Mineralien und damit verbundene seltene Lebensräume, Vorkommen seltener oder gefährdeter Tier-und Pflanzenarten. Naturdenkmäler dürfen nicht verändert oder zerstört werden.
Während Naturdenkmäler räumlich meist eng umgrenzt sind, wird mit der Kategorie Naturschutzgebiet ein großflächigerer Lebensraumschutz angestrebt. Vorläufer der Naturschutzgebiete waren die Banngebiete, die auf Basis des ersten Naturschutzgesetzes von 1924 verordnet wurden. Naturschutzgebiete zeichnen sich entweder durch weitgehende Ursprünglichkeit (Urwälder, Steppenreste, Moore etc.), durch das Vorhandensein naturschutzfachlich besonders bedeutsamer Entwicklungsprozesse (beispielsweise Auen), als Lebensraum gefährdeter Tier- oder Pflanzenarten oder als gehäuftes Vorkommen erdgeschichtlich interessanter Erscheinungen (dazu zählen auch seltene Mineral- oder Fossilvorkommen) aus. Die Zuständigkeit für die Ausweisung von Naturschutzgebieten liegt bei der Landesregierung. Mit wenigen Ausnahmen sind in derartigen Gebieten Eingriffe jeglicher Art verboten.
Allentsteig
● 004 Rotföhre in Thaua (gelöscht)
Altmelom
● 137 Großer Granitblock in Altmelon
● 092 Felsgebilde Wackelstein in Altmelon
● 097 Felsgruppe mit sechs Findlingen in Dietrichsbach
● 035 Felsgruppe in Großpertenschlag
● 033 Zwei Granitblöcke in Kleinpertenschlag
● 117 Blockmeer in Kleinpertenschlag
● 104 Blockmeer und Felsinseln in Kleinpertenschlag
● 107 Blockmeer und großer, eiförmiger Fels in Kleinpertenschlag
● 125 Felsgruppe und umliegende kleinere Felsgruppen in Kleinpertenschlag
● 115 Felsinseln in Kleinpertenschlag
● 110 Große Felsgruppe mit umliegenden Felsbildungen in Kleinpertenschlag
● 116 Große Felsgruppe und Blockmeer in Kleinpertenschlag
● 123 Große Felsgruppen westlich von Kleinpertenschlag
● 099 Felsgruppe in Perwolfs
● 170 Gesteinsgranit in Perwolfs
Arbesbach
● 047 Felsgruppen Galgenberg in Arbesbach
● 105 Bildföhre in Brunn
● 118 Blockmeer südlich der Bundesstraße in Brunn
● 119 Felsblöcke und Blockmeer nördlich der Bundesstraße in Brunn
● 144 Felsbildung in Etlasamt
● 134 Felsbildung Niglstoan in Haselbach
● 114 Felsgruppen an der Straße in Haselbach
● 113 Felsgruppe in Kamp
● 143 Felsbildungen auf dem Arbesberg
● 135 Felsblock am Ortsrand von Etlas
● 136 Felsgruppe auf einer Waldkuppe bei Etlas
● 138 Kuppe mit Felsblöcken am nördlichen Ortsrand von Etlas
● 062 Granitsteingebilde Vogelstein in Pretrobruck
● 109 Granitsteingebilde Vogelstein in Pretrobruck Umfeld
● 095 Wackelstein in Pretrobruck
● 062 Felsbildungen um den Vogelstein in Pretrobruck
● 055 Granitblockgruppe Froschstein in Pretrobruck
● 005 Höllfall in Pretrobruck
● 176 Großer Kamp – Abschnitt zwischen der Landesgrenze zu Oberösterreich (Brücke Güterweg Schönbichl) und der Brücke L7315
● 173 Großer Kamp – Abschnitt zwischen Brücke L7315 und Pegel Neustift
Bad Traunstein
● 171 Hochmoor in Biberschlag
● 145 Esche in Kaltenbach
● 179 Felsgruppe Steinernes Wirtshaus in Stein
● 045 Felsgebilde Franzosenstein in Traunstein
● 101 Gesteinsgruppe in Traunstein
● 131 Felsgebilde Opferstein in Traunstein
● 046 Wachtstein und unmittelbarer Umgebungsbereich in Traunstein
● 044 Felsgebilde Wiegenstein in Traunstein
Göpfritz an der Wild
● 003 Bergahorn in Göpfritz an der Wild (gelöscht)
● 158 Bergahorn und Sommerlinde in Scheideldorf
Grafenschlag
● 133 Felsbildungen auf dem Guttenberg
Groß Gerungs
● 177 Moorwiese in Albern
● 102 Granitfelsgebilde Kierlingstein in Böhmsdorf
● 052 Baumgruppe mit Granitblöcken in Groß Meinharts
● 168 Zwei Linden in Oberrosenauerwaldhäuser
● 151 Felsbildung Weltkugel in Oberrosenauerwaldhäuser
● 176 Großer Kamp – Abschnitt zwischen der Landesgrenze zu Oberösterreich (Brücke Güterweg Schönbichl) und der Brücke L7315
● 129 Opferstein samt umliegenden Felsbildungen im Waldstück in Thail
Großgöttfritz
● 023 Felsgebilde Hoher Stein in Großweißenbach
● 150 Flußstrecke des Purzelkampes zwischen Ritschgraben und Rappoltschlag
● 164 Feuchtwiesen und Feldgehölze entlang des Purzelkampes zwischen Ritschgraben und Rappoltschlag
Kottes-Purk
● 141 Rotbuche in Günsles
● 037 Sommerlinde in Günsles
● 039 Sommerlinde in Günsles
● 152 Feldahornbaum in Purk
Langschlag
● 094 Esche in Bruderndorferwaldhäuser
● 132 Zwei Linden in Bruderndorferwaldhäuser
● 096 Felsengruppe Käferberg (Blocksteingruppe) in Bruderndorferwaldhäuser
● 093 Linde mit Marterl in Lamberg
● 007 Große Winterlinde in Langschlag
● 008 Große Winterlinde in Langschlag
● 098 Opferstein in Langschlag
● 091 Wackelstein in Schmerbach
● 063 Winterlinde in Siebenhöf
Martinsberg
● 064 Felsgruppe Zwettlstein (Opferschale) in Edlesberg
● 130 Föhre (Weißkiefer) in Edlesberg
● 161 Rotbuchengruppe in Reitzendorf
Ottenschlag
● 140 Esche in Ottenschlag
● 081 Rosskastanienbaum in Ottenschlag
● 073 Drei Ahornbäume in Ottenschlag
● 112 Baumgruppe in Ottenschlag
● 160 Bergahorngruppe in Ottenschlag
Pölla
● 017 Linden beim Urlaubsmaterl in Altpölla
● 124 Lindengruppe in Altpölla
● 083 Zwei Eichen in Franzen
● 006 Traubeneichen in Waldreichs
● 056 Verschiedene Bäume im Schlosspark in Wetzlas
Rappottenstein
● 165 Feuchtbiotop (Standort der Calla palustris) in Grünbach
● 173 Großer Kamp – Abschnitt Brücke L7315 bis Pegel Neustift
● 166 Großer Kamp / Kamp – Abschnitt Pegel Neustift bis Diethartsmühle
● 172 Kleiner Kamp Abschnitt Oedmühle bis Hammer
● 121 Talabschnitt des kleinen Kamp mit Schütt
● 127 Felsgruppe Gletschermühle in Lembach
● 128 Teufelskirche und umliegende Felsen in Oberrabenthan
● 180 Birnenbaum in Oberrabenthan
● 020 Lohnbachfall in Pehendorf
● 019 Steinerne Stube beim Lohnbachfall (Gemeinde Schönbach)
● 048 Ahorn und Linde in Rappottenstein (gelöscht)
● 018 Felsgebilde Opferstein in Rappottenstein
● 149 Kamptal von Roiten bis Uttissenbach
● 053 Winterlinde in Kirchbach (gelöscht)
Sallingberg
● 077 Fichte in Großnondorf
● 148 Sommerlinde in Kamles
● 054 Fichte in Sallingberg
Schönbach
● 079 Baumgruppe in Lohn
● 088 Granitblockgruppe Steinernes Bründl in Lohn
● 019 Steinerne Stube in Lohn
● 078 Sommerlinde in Schönbach
● 085 Granitfelsgruppen in Schönbach
● 089 Felsgruppe (zahlreiche Granitblöcke) in Schönbach
● 100 Granitblöcke auf einer Bergkuppe in Schönbach
● 086 Granitfels mit zwei Schalen in Schönbach
● 087 Granitfelsgruppe mit Blutschalen in Schönbach
Schwarzenau
● 076 Esche in Großhaselbach (gelöscht)
● 042 Birkenbaumreihen in Schwarzenau
● 040 Brühlallee in Schwarzenau
● 021 Felsgebilde Schwedenstein in Schwarzenau
Schweiggers
● 051 Baumgruppe in Schweiggers
Waldhausen
● 065 Sommerlinde in Niederwaltenreith (gelöscht)
● 069 Sommerlinde in Niederwaltenreith
● 070 Flussstrecke des Purzelkamp mit Felsgruppen Hölleiten in Waldhausen
Zwettl
● 159 Stieleiche in Großhaslau
● 162 Lärche und Eiche in Schloss Rosenau
● 157 Baumgruppen im Ortsraum von Schloss Rosenau
● 155 Baumgruppe beim Sportplatz in Schloss Rosenau
● 163 Eichenhain um den Bismarkturm in Schloss Rosenau
● 049 Lärchenallee in Schloss Rosenau
● 153 Röhrenteichallee in Schloss Rosenau
● 154 Waschteichallee in Schloss Rosenau
● 061 Stieleichen und Weißkiefern in Schloss Rosenau
● 126 Rosskastanie in Rudmanns
● 090 Stifter Teiche (Rudmannser und Schönauer Teich)
● 108 Eichen in Schickenhof
● 122 Alleebäume entlang der LHStr 74 in Schickenhof
● 106 Eichenallee in Schickenhof
● 167 Linde beim Stadtamt in Zwettl
● 060 Stieleiche in Zwettl
Flüsse
● 176 Großer Kamp – Abschnitt zwischen der Landesgrenze zu Oberösterreich (Brücke Güterweg Schönbichl) und der Brücke L7315
● 173 Großer Kamp – Abschnitt zwischen Brücke L7315 und Pegel Neustift
● 166 Großer Kamp / Kamp – Abschnitt Pegel Neustift bis Diethartsmühle
● 149 Kamp – Abschnitt von Roiten bis Uttissenbach
● 121 Kleiner Kamp – Talabschnitt des kleinen Kamp mit Schütt
● 172 Kleiner Kamp – Abschnitt Oedmühle bis Hammer
● 150 Purzelkamp – Flußstrecke zwischen Ritschgraben und Rappoltschlag
● 070 Purzelkamp – Flussstrecke mit Felsgruppen Hölleiten in Waldhausen