Ein Naturdenkmal ist die älteste kontinuierlich seit den 1920er-Jahren bestehende Schutzgebietskategorie in Niederösterreich. Naturdenkmäler schützen Naturgebilde, die sich durch ihre Eigenart, Seltenheit oder Ausstattung auszeichnen, die Landschaft prägen oder große wissenschaftliche oder kulturhistorische Bedeutung haben. Die Erklärung zum Naturdenkmal erfolgt durch Bescheid der Bezirkshauptmannschaft bzw. des Magistrats. Zum Naturdenkmal erklärt werden können: Klammen, Schluchten, Wasserfälle, Quellen, Bäume, Hecken, Alleen, Baum- und Gehölzgruppen, Felsbildungen, erdgeschichtliche Aufschlüsse, Fossilvorkommen, Fundorte seltener Gesteine und Mineralien und damit verbundene seltene Lebensräume, Vorkommen seltener oder gefährdeter Tier-und Pflanzenarten. Naturdenkmäler dürfen nicht verändert oder zerstört werden.
Während Naturdenkmäler räumlich meist eng umgrenzt sind, wird mit der Kategorie Naturschutzgebiet ein großflächigerer Lebensraumschutz angestrebt. Vorläufer der Naturschutzgebiete waren die Banngebiete, die auf Basis des ersten Naturschutzgesetzes von 1924 verordnet wurden. Naturschutzgebiete zeichnen sich entweder durch weitgehende Ursprünglichkeit (Urwälder, Steppenreste, Moore etc.), durch das Vorhandensein naturschutzfachlich besonders bedeutsamer Entwicklungsprozesse (beispielsweise Auen), als Lebensraum gefährdeter Tier- oder Pflanzenarten oder als gehäuftes Vorkommen erdgeschichtlich interessanter Erscheinungen (dazu zählen auch seltene Mineral- oder Fossilvorkommen) aus. Die Zuständigkeit für die Ausweisung von Naturschutzgebieten liegt bei der Landesregierung. Mit wenigen Ausnahmen sind in derartigen Gebieten Eingriffe jeglicher Art verboten.
Allentsteig
● Rotföhre in Thaua (gelöscht)
Altmelom
○ Großer Granitblock in Altmelon
○ Felsgebilde Wackelstein in Altmelon
○ Felsgruppe mit sechs Findlingen in Dietrichsbach
○ Felsgruppe in Großpertenschlag
○ Zwei Granitblöcke in Kleinpertenschlag
○ Blockmeer in Kleinpertenschlag
○ Blockmeer und Felsinseln in Kleinpertenschlag
○ Blockmeer und großer, eiförmiger Fels in Kleinpertenschlag
○ Felsgruppe und umliegende kleinere Felsgruppen in Kleinpertenschlag
○ Felsinseln in Kleinpertenschlag
○ Große Felsgruppe mit umliegenden Felsbildungen in Kleinpertenschlag
○ Große Felsgruppe und Blockmeer in Kleinpertenschlag
○ Große Felsgruppen westlich von Kleinpertenschlag
○ Felsgruppe in Perwolfs
○ Gesteinsgranit in Perwolfs
Arbesbach
○ Felsgruppen Galgenberg in Arbesbach
○ Bildföhre in Brunn
○ Blockmeer südlich der Bundesstraße in Brunn
○ Felsblöcke und Blockmeer nördlich der Bundesstraße in Brunn (gelöscht ????)
○ Felsbildung in Etlasamt
○ Felsbildung Niglstoan in Haselbach
○ Felsgruppen an der Straße in Haselbach
○ Felsgruppe in Kamp
● Felsbildungen auf dem Arbesberg
○ Felsblock am Ortsrand von Etlas
○ Felsgruppe auf einer Waldkuppe bei Etlas
○ Kuppe mit Felsblöcken am nördlichen Ortsrand von Etlas
○ Granitsteingebilde Vogelstein in Pretrobruck
○ Wackelstein in Pretrobruck
○ Felsbildungen um den Vogelstein in Pretrobruck
● Granitblockgruppe Froschstein in Pretrobruck
● Höllfall in Pretrobruck
Bad Traunstein
○ Hochmoor in Biberschlag
○ Esche in Kaltenbach
○ Felsgruppe Steinernes Wirtshaus in Stein
● Felsgebilde Franzosenstein in Traunstein
● Gesteinsgruppe in Traunstein
● Felsgebilde Opferstein in Traunstein
● Wachtstein und unmittelbarer Umgebungsbereich in Traunstein
● Felsgebilde Wiegenstein in Traunstein
Göpfritz an der Wild
○ Bergahorn in Göpfritz an der Wild
● Bergahorn und Sommerlinde in Scheideldorf
Grafenschlag
● Felsbildungen auf dem Guttenberg
Groß Gerungs
○ Moorwiese in Albern
● Granitfelsgebilde Kierlingstein in Böhmsdorf
○ Baumgruppe mit Granitblöcken in Groß Meinharts
○ Zwei Linden in Oberrosenauerwaldhäuser
● Felsbildung Weltkugel in Oberrosenauerwaldhäuser
○ Großer Kamp Abschnitt zwischen der Landesgrenze zu Oberösterreich (Brücke Güterweg Schönbichl) und der Brücke L7315
● Opferstein samt umliegenden Felsbildungen im Waldstück in Thail
Großgöttfritz
● Felsgebilde Hoher Stein in Großweißenbach
● Flußstrecke des Purzelkampes zwischen Ritschgraben und Rappoltschlag
● Feuchtwiesen und Feldgehölze entlang des Purzelkampes zwischen Ritschgraben und Rappoltschlag
Kottes-Purk
● Rotbuche in Günsles
● Sommerlinde in Günsles
● Sommerlinde in Günsles
● Feldahornbaum in Purk
Langschlag
● Esche in Bruderndorferwaldhäuser
● Zwei Linden in Bruderndorferwaldhäuser
● Felsengruppe Käferberg (Blocksteingruppe) in Bruderndorferwaldhäuser
● Linde mit Marterl in Lamberg
○ Große Winterlinde in Langschlag
○ Große Winterlinde in Langschlag
○ Opferstein in Langschlag
● Wackelstein in Schmerbach
○ Winterlinde in Siebenhöf
Martinsberg
● Felsgruppe Zwettlstein (Opferschale) in Edlesberg
● Föhre (Weißkiefer) in Edlesberg
● Rotbuchengruppe in Reitzendorf
Ottenschlag
● Esche in Ottenschlag
● Rosskastanienbaum in Ottenschlag
○ Drei Ahornbäume in Ottenschlag
● Baumgruppe in Ottenschlag
● Bergahorngruppe in Ottenschlag
Pölla
● Linden beim Urlaubsmaterl in Altpölla
● Lindengruppe in Altpölla
● Zwei Eichen in Franzen
● Traubeneichen in Waldreichs
● Verschiedene Bäume im Schlosspark in Wetzlas
Rappottenstein
● Feuchtbiotop (Standort der Calla palustris) in Grünbach
● Großer Kamp Abschnitt Brücke L7315 bis Pegel Neustift
● Großer Kamp Abschnitt Pegel Neustift bis Diethartsmühle
● Kleiner Kamp Abschnitt Oedmühle bis Hammer
● Talabschnitt des kleinen Kamp mit Schütt
● Felsgruppe Gletschermühle in Lembach
● Teufelskirche und umliegende Felsen in Oberrabenthan
○ Birnenbaum in Oberrabenthan
● Lohnbachfall in Pehendorf
● Ahorn und Linde in Rappottenstein
● Felsgebilde Opferstein in Rappottenstein
● Kamptal von Roiten bis Uttissenbach
○ Winterlinde in Kirchbach
Sallingberg
● Fichte in Großnondorf
● Sommerlinde in Kamles
○ Fichte in Sallingberg
Schönbach
● Baumgruppe in Lohn
● Granitblockgruppe Steinernes Bründl in Lohn
● Steinerne Stube in Lohn
● Sommerlinde in Schönbach
○ Granitfelsgruppen in Schönbach
○ Felsgruppe (zahlreiche Granitblöcke) in Schönbach
● Granitblöcke auf einer Bergkuppe in Schönbach
○ Granitfels mit zwei Schalen in Schönbach
○ Granitfelsgruppe mit Blutschalen in Schönbach
Schwarzenau
○ Esche in Großhaselbach
○ Birkenbaumreihen in Schwarzenau
○ Brühlallee in Schwarzenau
● Felsgebilde Schwedenstein in Schwarzenau
Schweiggers
● Baumgruppe in Schweiggers
Waldhausen
● Sommerlinde in Niederwaltenreith
● Sommerlinde in Niederwaltenreith
● Flussstrecke des Purzelkamp mit Felsgruppen Hölleiten in Waldhausen
Zwettl
● Stieleiche in Großhaslau
● Lärche und Eiche in Schloss Rosenau
● Baumgruppen im Ortsraum von Schloss Rosenau
● Baumgruppe beim Sportplatz in Schloss Rosenau
● Eichenhain um den Bismarkturm in Schloss Rosenau
● Lärchenallee in Schloss Rosenau
● Röhrenteichallee in Schloss Rosenau
● Waschteichallee in Schloss Rosenau
● Stieleichen und Weißkiefern in Schloss Rosenau
● Rosskastanie in Rudmanns
● Stifter Teiche (Rudmannser und Schönauer Teich)
● Eichen in Schickenhof
● Alleebäume entlang der LHStr 74 in Schickenhof
● Eichenallee in Schickenhof
○ Linde beim Stadtamt in Zwettl
○ Stieleiche in Zwettl