Der Kuenringer Hadmar II. verlegte aus strategischen Gründen den Schwerpunkt des Gebietes von Altweitra in die in der Zeit von 1201 bis 1208 neu gegründete Burgstadt Weitra. Am höchsten Punkt des gegen Norden stufenförmig abfallenden Granitplateaus erbaute er die Burg. Die mittlere und breiteste Zone war für den großen Dreiecksplatz bestimmt.
Am steil zur Lainsitz abfallenden Nordende errichtete man eine Kirche. Sie ist ein Beispiel eines kontinuierlich gewachsenen Sakralbaues. Den ältesten Teil der ursprünglich romanischen Ostturmkirche bilden das Langhaus und der im Grundriss quadratische Ostturm, dem eine halbkreisförmige Apsis vorgelagert war.
Die Pfarre Weitra wurde vor 1182 von den Kuenringern gegründet. Mit dem Neubau der Kirche in Weitra übertrug man das Pfarrecht mit dem Patrozinium der Heiligen Peter und Paul von Altweitra hierher.
Im 15. Jahrhundert nahm man gotische Erweiterungen bzw. Umbauten an der Kirche vor. An den Ostturm wurden zwei Joche mit einem ⅝-Chorschluss angebaut. Dadurch erhielt die Kirche ihren charakteristischen Langchor mit insgesamt – da ja das Turmquadrat ebenfalls in den Chor einbezogen wurde – drei Jochen. Nördlich baute man an den Turm die Magdalenskapelle (heute Barbarakapelle genannt) an. Diese 1439 geweihten Erweiterungen dürfte ein Thaman Mawrer von sand Wolfgang (Thomas Maurer von St. Wolfgang) mit seiner Bauhütte durchgeführt haben. Dieser hatte schon vorher, um 1410, in Pfaffenschlag (dem heutigen St.Wolfgang) die gotische Hallenkirche errichtet und danach in Weitra die Befestigungsanlagen (Stadtmauern) erweitert und das alte Rathaus erbaut.
Daraufhin wurden die Längsmauern des Langhauses durchbrochen und die beiden Seitenschiffe angebaut. Schließlich erhöhte man das Langhaus um ungefähr fünf Meter und versah es mit einem spätgotischen Netzrippengewölbe. Dadurch war die Kirche in eine dreischiffige Pfeilerbasilika umgewandelt worden.
Auch der Turm wurde noch in spätgotischer Zeit (vermutlich 1505) um ein Stockwerk erhöht, mit großen Fenstern versehen und mit einem hohen Pyramidendach ausgestattet.
1755 wurde am Chorscheitel eine barocke annähernd quadratische Sakristei angebaut.
Südlich des Turmjoches wurde 1760/1761 als Stiftung des Franz Josef Keufel von Ullberg eine nach Süden ausgerichtete Heilig-Kreuz-Kapelle angebaut.
Im späten 19. und frühen 20. Jahrhundert erfolgten weitere Veränderungen im Sinn des Historismus. 1904 wurde schließlich das Innere der Kirche grundlegend renoviert und umgestaltet.
Die Kirche war bis 1792 von einem Friedhof umgeben.
Die Renovierungen nach 1950 entfernten weitgehend die historisierenden Umgestaltungen.
In den Jahren 1974/1975 erfolgte eine Restaurierung.
Man betritt die Kirche beim gotischen Eingang des südlichen Seitenschiffs. Dem Eingang gegenüber befindet sich ein fastentuchartiger Freskenzyklus, der leider im vorigen Jahrhundert durch die Anbringung einer Kriegergedenktafel teilweise zerstört wurde. Unterhalb dieses Freskenzyklus befindet sich die alte romanische Kirchentür. Neben dem Eingang steht die Statue des Heiligen Sebastian. Er wird typischerweise entblößt, von Pfeilen durchbohrt und an einen Baum oder Pfosten gebunden dargestellt.
Die einzelnen Bildreihen sind von links nach rechts zu betrachten, sie stellen Szenen aus dem Leiden, dem Tod und der Verherrlichung Christi dar:
1. (unterste) Reihe: Auferweckung des Lazarus, Mahl in Bethanien, Verrat des Judas, Einzug in Jerusalem (oberer Teil zerstört), Säuberung des Tempels (großteils zerstört), Letztes Abendmahl, Fußwaschung, Ölberg (die drei schlafenden Jünger).
2. Reihe: Jesus schwitzt Blut, „Wen sucht ihr?“, Judaskuss, die beiden folgenden Bilder (vermutlich Gefangennahme und Prozess Jesu) sind zerstört, Jesus vor Pilatus, Jesus vor Herodes, Jesus abermals vor Pilatus.
3. Reihe: Geißelung, Dornenkrönung, Verspottung, Christus wird geschlagen und angespien, „Ecce homo!“, Pilatus wäscht seine Hände, Kreuzweg, Jesus wird der Kleider beraubt.
4. Reihe: Kreuzigung, Aufrichtung des Kreuzes, Tod Christi, Kreuzabnahme, Jesus wird in den Schoß seiner Mutter gelegt.
5. Reihe: Salbung des Leichnams Christi, Grablegung, Auferstehung, der Auferstandene erscheint den Jüngern in Emmaus, Himmelfahrt.
6. Reihe: Herabkunft des Heiligen Geistes am Pfingstfest.
Am Ostende des südlichen Seitenschiffes steht ein Barockaltar mit einem die Himmelfahrt Mariens darstellenden Bild von Johann Georg Schmidt aus dem Jahre 1747.
Rechts davon befindet sich die Taufkapelle. Hier ist ein Barockaltar aufgebaut, der ein Nazarenerbild des Heiligen Johannes von Nepomuk aus dem Jahre 1875 trägt. Gemalt wurde das Bild von Josef Kessler.
Im Mittelschiff steht rechts ein barocker Kredenzaltar mit zwei Gemälden, die auf Blech gemalt sind. Das Altarbild zeigt die Heilige Margaretha von Antiochia die ihren Schmuck abgelegt hat und ihr Leben Christus überantwortet. Im Altaraufsatz sieht man Margaretha im Kreis der Apostel, wie sie von der Himmelkönigin aufgenommen wird.
Die prunkvolle Kanzel auf der linken Seite trägt Figuren des Moses mit den Gesetzestafeln, eines Engels mit offenem Prophetenbuch und eine Reliefdarstellung von Fegefeuer und Hölle. Den Schalldeckel schmückt Christus von Engeln umgeben, der zum Weltgericht erscheint.
Ebenfalls im Mittelschiff sieht man auf der linken Seite die Statue Christus an der Martersäule. Es ist eine Kopie der Gnadenstatue der Wieskirche in Bayern. Rechts steht die Statue des Heiligen Josef mit dem Jesuskind.
Im nördlichen Seitenschiff der Kirche steht der Grabstein von Pfarrer Paul Burger. Der Verstorbene ist fast lebensgroß mit Messkleid, Kelch und Hostie dargestellt. Burger war der letzte katholische Pfarrer von Weitra vor der Zeit des vorherrschenden Protestantismus in dieser Stadt. Die Umschrift des Grabsteines lautet: ANNO DNI 1556 AM PHINGSTAG VOR MAIGARETHE IST DER ERBIRDIG PAUL PURGER PHARHRER ZU BEITRAG GESTORBEN DEM GOD GENADIG.
Die Westwand des nördlichen Seitenschiffes trägt ein großes Fresko des Jüngsten Gerichtes aus der Zeit um 1500. Christus thront auf einem Regenbogen, umgeben von Posaunen blasenden Engeln, Maria, Johannes dem Täufer und den Aposteln. Darunter ist die Auferstehung der Seligen und der Verdammten dargestellt.
Der lange Chor ist um eine Stufe erhöht. Seit 1970 steht ganz vorne ein Volksaltar. An den Wänden und im nördlichen Seitenschiff hängen Kreuzwegbilder nach Josef Führing aus dem Jahre 1904.
Die in den Jahren 1760/1761 südlich an den Turm angebaute barocke Seitenkapelle zum Heiligen Kreuz ist durch ein kunstvolles Gitter vom Kirchenraum getrennt. Interessant ist der von vier knorrigen Eichenstämmen getragene Baldachinaltar. Die Wände der Kapelle sind mit zartem Stuck versehen. Neben Ornamenten findet man die Buchstaben FJKVU, die Initialen des Stifters Franz Josef Keuffel von Ullberg. Darum wird die Kapelle nach ihrem Stifter auch Keuffelsche Kapelle genannt. In der Kapelle steht ein gotisches Taufbecken.
Der Hochaltar stammt aus dem Jahre 1749. Die Bildhauerarbeiten führte Johann Walser aus Budweis aus, dem Schöpfer der Dreifaltigkeitssäule auf dem Rathausplatz. Neben den beiden überlebensgroßen Figuren der Apostel Judas Thaddäus (Keule) und Simon (Säge) verdient vor allem das Altarbild Erwähnung. Es stammt vermutlich aus dem Jahre 1774 und stellt den Abschied der Apostel Petrus und Paulus vor der Stadt Rom dar. Geschickt sind die Attribute der beiden Heiligen (Schlüssel und Schwert) in die Handlung hineinverwoben. Von rechts kommen aus der Porta Ostiensis die Soldaten, um die beiden Apostel gefangen zu nehmen und zum Martyrium abzuführen. Hinter Paulus sieht man ein gezücktes Schwert (sein Attribut!). Vom Himmel schweben Engel auf die Cestiuspyramide hernieder und überbringen zwei Märtyrerkränze. Ein Engel hält die Schlüssel des Himmelreiches in seinen Händen, um sie Petrus zu übergeben (sein Attribut!). Die Mitte des Gemäldes beherrschen die beiden Apostelfürsten, deren ruhiger und gelassener Gesichtsausdruck ihre Gottergebenheit und Bereitschaft zum Martyrium wunderbar zum Ausdruck bringt. Das Bild wird dem Maler Johann Leopold Daysigner aus Zlabings (Mähren) zugeschrieben.
Blickt man zurück zur Orgelempore, dann sieht man heute eine Orgel der Firma Pircher aus Steinach am Brenner. Bereits 1514 scheint in einer Bürgeramtsrechnung der Stadt Weitra ein „Urgelsetzer Andre“ auf. Die Vorgänger-Orgel war eine pneumatische Orgel der Firma Rieger/Jägerndorf aus dem Jahre 1906. Die neue Orgel wurde in zwei Monaten errichtet und am 28. Juni 2015 im Rahmen einer Festmesse von Diözesanbischof Klaus Küng geweiht. Die Orgel besteht aus 1.654 Pfeifen und 29 Register.
In der Stadtpfarrkirche hängen aktuell fünf Glocken. Besonders bemerkenswert ist die historische Zwölferglocke aus dem 15. Jahrhundert. Sie ist die Einzige der ursprünglichen Glocken, die die Abnahmen während der Weltkriege überstanden hat. Nachdem sie lange Zeit im Museum der Stadt ausgestellt war, wurde sie 2024 wieder in den Kirchturm überführt, um dort ihren Dienst als Teil des Geläutes oder für besondere Anlässe wieder aufzunehmen.
