Die heutige Bürgerspitalskirche entstand in den Jahren 1438 bis 1448 mit dem Neubau des Bürgerspitals innerhalb der Stadtmauern von Zwettl, nachdem 1427 die Hussiten das damals außerhalb der Stadt gelegene Bürgerspital zerstört hatten. Der so neu entstandene Komplex besteht, von entsprechenden Veränderungen abgesehen, noch immer. Heute beherbergt der Bau, mit modernen Zubauten ergänzt, das Seniorenzentrum St. Martin.
Als die Hussiten am Neujahrstag 1427 Zwettl abermals vergeblich belagerten, zerstörten sie alles, was sich außerhalb der schützenden Stadtmauern befand, so auch das Bürgerspital und die zu diesem gehörende, dem Heiligen Martin geweihte Kapelle. Beide waren damals vor dem Unteren (Kremser) Tor gelegen.
Die Stiftungen, die mit dem Spital verbunden waren, blieben auch nach dessen Zerstörung weiter bestehen, und wahrscheinlich brachte man die verarmten Bürgerinnen und Bürger einstweilen provisorisch in der Stadt unter, denn 1435 wird in einem Weitraer Dokument der Zwettler Spitalsbewohner (oder Spitalmeister ?) Georg Leonis genannt. Jedenfalls bemühte sich die Zwettler Bürgerschaft nach den verheerenden Kriegsereignissen das Spital neu zu errichten, nun aber an einem sicheren Platz innerhalb der Stadtmauern.
Am 27. Februar 1438 kauften die Zwettler Bürger von Wolfgang Kürenbach (Chwerenbach), Pfleger zu Lichtenfels, und von seiner Gattin Wilburg einen Hof am Neuen Markt beim Oberhofer Tor, nahe der Stadtmauer, mit einer dazugehörigen Wiese und einem Baumgarten um 60 Pfund Wiener Pfennige. Dort errichteten sie in Folge das neue Spital und eine Kirche, die wieder dem Heiligen Martin geweiht wurde.
Die Martinskirche (Bürgerspitalskirche) stammt in ihrer heutigen Form im Wesentlichen noch aus der Zeit von 1438-48. Der achtseitige Chorturm hat einen Pyramidenhelm und gotische Dreipassbogenfenster. Das Langhaus war damals allerdings flach gedeckt, das bestehende Kreuzgratgewölbe mit den profilierten Stuckrippen wurde erst 1603 eingezogen. So entstand eine dreischiffige vierjochige Halle mit Achtseitpfeilern. Auch die heutige Einrichtung ist (mit Ausnahme der spätgotischen Madonna) deutlich jüngeren Datums. Noch heute sind gotische Steinmetzarbeiten in der Kirche unverändert zu sehen: das Portal zur Sakristei, die Sessionsnische und das quadratische Sakramentshäuschen.
Man betritt die Kirche von Westen durch ein spätgotisches Spitzbogenportal. Der Mittelgang führt bis zum Chor. An den Seitenwänden hängen Kreuzwegbilder. Im Nordschiff hängt das ehemalige Seitenaltarbild Anbetung der Könige aus der 2. Hälfte des 17. Jahrhundert. Die spätgotischen Spitzbogenfenster haben ein neugotisches Maßwerk. Im Südschiff hängt ein barockes Kruzifix um 1700.
Der Triumphbogen ist spitzbogig. Der spätgotische Chor ist einjochig. Er verfügt über einen Fünfachtelschluss, ein Kreuzrippengewölbe mit Runddiensten und ein umlaufendes Kaffgesims. Eine spätgotische, auf einer Mondsichel stehende Madonna mit Kind (1525/30) wurde 1995 von Mag. Ralf Wittig aus Zwettl restauriert und im Bereich der Apsis über dem Volksaltar installiert.
Zu den weiteren Merkmalen zählt eine spätgotische, quadratische Sessionsnische. Zur stichkappentonnengewölbten Sakristei führt ein spätgotisches, verstäbtes Portal mit beschlagener Schmiedeeisentür.
Der Hochaltar ist ein typisches Werk des Knorpelwerkstils.
An der Predella ist er mit 1678 bezeichnet. Eine Predella ist der flache, oft bemalte oder geschnitzte Sockel eines christlichen Altaraufsatzes (Retabel), der auf der Mensa steht. Sie bildet die Basis des Altars.
Auf der Mensa (lateinisch für „Tisch“) steht ein tempelförmiger Tabernakel aus dem Jahre 1835.
Zwei Säulen rahmen das nazarenische Altarbild der Heiligen Dreifaltigkeit ein. Im Bild darüber sieht man den Heiligen Martin.
Ganz außen stehen auf Konsolen die Heiligenstatuen eines Bischofs (links) und eines Papstes (rechts).
Die linke Heiligenfigur, die als Bischof dargestellt ist, trägt ein bischöfliches Gewand, darunter eine Kasel (liturgisches Obergewand), sowie eine Mitra auf dem Kopf. In der Hand hält sie einen Bischofsstab (Krummstab) und ein geöffnetes Buch, was auf ein geistliches Amt oder einen Gelehrten hindeutet.
Bei der Papststatue handelt es sich vermutlich um den Heiligen Papst Silvester I., erkennbar an der Tiara (päpstliche Krone) und dem Doppelkreuz (Patriarchenkreuz) als Attribut.
Der Zwettler Bildhauer Gerhard Lechner (*15.07.1941, +04.09.2023) hat in seiner Heimatstadt Zwettl zahlreiche künstlerische Spuren hinterlassen. So steht rechts vom Hochaltar die etwa zwei Meter hohe Skulptur die „Zehn Gebote“. Zehn miteinander verbundene Steinwürfel stellen sinnbildlich die zehn Gebote dar.
Die linke kleinere Statue ist die Heilige Katharina von Alexandrien. Sie trägt ein Schwert (Symbol für ihr Martyrium durch Enthauptung) sowie ein Rad (das zerbrochene Rad ist ihr bekanntestes Attribut, da sie der Legende nach auf einem Rad hingerichtet werden sollte, das jedoch zerbrach). Zudem hält sie einen Palmzweig als Zeichen des Märtyrertums in der Hand.
Die rechte kleinere Statue ist die Heilige Barbara. Sie wird mit einem Kelch (oft mit einer Hostie) in der Hand dargestellt, da sie als Patronin der Sterbenden um den Empfang der Kommunion bat. Das Schwert ist ein weiteres häufiges Attribut, das an ihr Martyrium erinnert.
Die dreibogige spätgotische Orgelempore mit Kreuzrippenunterwölbung ruht auf Achtseitpfeilern. Die Orgel stammt aus dem Jahre 1842.
Die ursprünglich im Turm der Kirche befindlich gewesenen drei Glocken aus 1779, 1818 und 1881 waren den Kriegen zum Opfer gefallen. Anlässlich des Jubiläums des 700-jährigen Bestehens der Bürgerspitalfondsstiftung Zwettl – die sich jetzt „Zwettler Bürgerstiftung – Seniorenzentrum St. Martin“ nennt – wurden im Jahre 1998 drei Glocken angeschafft und in der nunmehr mehr als 50 Jahre leeren Glockenstube des Turmes der Martinskirche untergebracht.
