Mitte des 12. Jahrhunderts entstand hier eine Siedlung. Der Ortsname leitet sich vom Mittelhochdeutschen scone (schön) und ouwe (Au, Wiese) ab. Um Verwechslungen mit anderen gleichnamigen Orten zu vermeiden, erhielt der Ort zu Anfang des 17. Jahrhunderts den Vorsatz „Groß“. Die erste Nennung erfolgte um 1168 als „villa quae dicitur Sconowe juxta Hadmarsteine“ (Dorf, das Schönau bei Harmanstein genannt wird). Die Urkunde wurde am Sitz des kuenringischen Amtsmannes unterzeichnet, der sich am Platz des heutigen Pfarrhofes befand.
Die Kirche wurde als Vikariat der kuenringischen Urpfarre Schweiggers errichtet. Bereits 1289 und 1305 werden Vikare urkundlich erwähnt. Sie war Teil einer kuenringischen Burgkirchenanlage, die dem Heiligen Laurentius geweiht war. 1319 ging das Patronatsrecht an das Stift Zwettl über. Im Jahre 1332 erhob man sie zur Pfarre.
Im Jahre 1478 gab es schwere Plünderungen durch Böhmen. Die Untertanen des Stiftes Zwettl wurden zur Zwangsarbeit auf der Burg Weitra gezwungen. Zur Reformationszeit (ca. 1517–1648) waren protestantische Prediger im Ort. Im Jahre 1544 waren Kirche und Pfarrhof ruinös verfallen. Erst im Jahre 1630 war der Ort wieder katholisiert.
Um 1400 oder etwas später wurde die romanische Ostturmkirche durch einen gotischen Chor erweitert und der romanische Kirchenraum in eine dreischiffige Halle umgebaut. Mitte des 15. Jahrhunderts wurde die Pfarre dem Stift Zwettl inkorporiert. Im Jahre 1478 änderte man das Patrozinium. Die Kirche wurde dem Heiligen Leonhard geweiht.
Es gibt noch keine eigene Pilgerkarte für den Bernhardiweg. Aber schon jetzt ist der Pilgerweg mit dem Kürzel „BW“ auf der neuen 
